Iniciativa për themelimin e IPK-së filloi në mars të vitit 2003, kur në Milano të Italisë u mbajtën takimet mes grupeve punuese për hartimin e projektit, bazuar në marrëveshjen paraprake ndërmjet Ministrisë së Arsimit, Shkencës dhe Teknologjisë së Kosovës (MASHT) dhe organizatës italiane C.E.S.E.S.

Drafti i parë i projektit për themelimin e institutit u përgatit në prill të vitit 2004 dhe iu dorëzua institucioneve vendimmarrëse në tetor të vitit 2005. Projekti u miratua nga MASHT, Qeveria italiane (përmes Ministrisë së Punëve të Jashtme) dhe C.E.S.E.S., duke hapur rrugën për themelimin zyrtar të institutit.

Në mars të vitit 2006, MASHT emëroi Këshillin Drejtues dhe Këshillin Shkencor, ndërsa në shkurt të vitit 2007 u shpall konkursi për përzgjedhjen e personelit të parë hulumtues të IPK-së. Këto hapa shënuan fillimin e funksionimit të plotë institucional dhe profesional të institutit.