Iniciativa për themelimin e IPK-së fillon në mars të vitit 2003, kur në Milano të Italisë takohen grupet punuese për  hartimin e projektit të bazuar në marrëveshjen paraprake në mes MASHT-it dhe C.E.S.E.S.

Grupet dy palësh përfundojnë punën e draftit të parë në prill 2004 dhe drafti u dorëzohet institucioneve vendimmarrëse në tetor 2005 dhe si i tillë projekti aprovohet nga MASHT, Qeveria italiane (Ministria e Punëve të Jashtme) dhe C.E.S.E.S.

Në muajin mars 2006 emërohet Këshilli Drejtues dhe Këshilli Shkencor nga ana e MASHT, ndërsa në shkurt 2007 publikohet konkursi për personelin hulumtues të IPK-së.

Në muajin mars 2007 komisioni intervistues bën përzgjedhjen e hulumtuesve sipas sektorëve dhe zyrave të parapara me strukturën e IPK-së, të  cilat nga datat 16-30 qershor 2007 ndjekin kurse intensive të  parapara në projekt në metodologjitë e punës kërkimore shkencore të udhëhequra nga ekspertë të instituteve profesionale të Milanos.

Pas gjithë këtij rrugëtimi të këtij projekti, me 3 shtator 2007 Instituti Pedagogjik i Kosovës filloi punën e tij, i cili është institucion kërkimor – shkencor publik që merret me hulumtime, trajnime, vlerësime dhe inovacione në fushën e arsimit.